A construção da FBCA teve início em 2006 com a criação da Associação Baiana de Corrida de Aventura (ABCA). Criada por atletas e organizadores de prova, a ABCA tinha o objetivo de organizar e regulamentar a prática da corrida de aventura no estado. Em 2007, o esporte passou por um período de turbulência, tanto no cenário regional, quanto nacional. Nesse momento, foram realizadas reuniões entre os atletas para debater o futuro do esporte e as possíveis soluções para a crise na qual se encontravam – falta de patrocínio, pouco estímulo entre os organizadores de provas e desânimo entre os corredores. Assim, decidiu-se reformular a estrutura da ABCA, transformando-a em uma instituição independente capaz de dar suporte a todos os organizadores de prova locais, servindo como mediador entre o Estado e o esporte e fortalecendo a corrida de aventura na Bahia.

Dessa forma, a FBCA foi instituída no dia 11 de fevereiro de 2008 após uma assembléia com atletas e representantes de agremiações que visavam criar uma instituição que regulamentasse e estimulasse a pratica do esporte no estado. Desde então, a FBCA já estruturou o esporte na Bahia, criando um circuito unificado, um ranking do campeonato baiano de corrida de aventura, construção do regimento interno (estabelecendo regras para chancela de provas do circuito), avaliação técnica das provas, pesquisa de opinião entre atletas, ações de divulgação do esporte (como a criação de um site para a FBCA, além da participação em eventos e a distribuição de materiais publicitários), participação no Fórum Estadual de Políticas Públicas para Esportes Radicais, Esportes de Aventura e Turismo de Aventura, realização de oficinas de remo e orientação, entre outras ações.